转基因作物自诞生之日起，就是争议不断。我们不可否认的是，转基因作物与传统育种方法培育的作物相比有着许多常规作物难以比拟的优势：
（1）解决粮食短缺的问题，转基因的作物其产量有明显的上升，而且对于病虫害和逆境灾害也有着更好的抗性，有效缓解粮食危机。
转基因玉米的产量有着明显的提高
（2）减少农药使用，避免环境污染。例如转BT基因的抗虫棉，可以有效的抑制棉铃虫对棉花的危害，从而就可以减少在棉花生长周期中对抗棉铃虫农药的使用。
BT抗虫棉有效抑制棉铃虫
（3）节省生产成本，降低食物售价。由于在作物的生长周期中减少农药等药剂的使用量以及作物产量的上升，就可以节省成本，从而在价格上更有竞争力。
（4）增加食物营养，提高附加价值。由于转基因育种是将外源基因导入到植物体内，就可以有选择性的将一些营养元素导入植物体内，例如黄金大米就是提高了水稻中维生素A的含量，但其食用的安全性还有待进一步的探究。
黄金大米能否食用还没有定论
虽然转基因作物可以带来很多的好处，但是我们同样不能忽视其潜在的危害，简单的可以概括为：
（1）转基因作物的环境安全性
转基因作物演变为农田杂草的可能性，由于转基因作物普遍耐除草剂，一旦其发生变异就可能突变成超级杂草，对作物产量造成威胁。
基因漂流到近缘野生种的可能性，就有可能导致其野生种发生某种未知变异，无异于相当于埋下了一颗定时炸弹。
对自然生物类的影响，转基因作物抗除草剂基因和抗虫基因虽然对作物本身有利，但也可能会破坏生态平衡。
转基因作物的危害的风险性还没有准确的定论
（2）转基因作物的食品安全性(food safety)
有毒物质：转基因作物中的毒素可引起人类急、慢性中毒或致癌、致突变作用。
过敏源：作物中的免疫或致敏物质可使人类机体产生变态或过敏反应。
转基因作物中的主要营养成分、微量营养成分及抗营养因子的变化，可能降低食品的营养价值，使营养结构失衡，降低人体免疫力。
不过，到目前为止，这种技术仍然处于起步阶段，并且没有一种含有从其它动植物上种植基因的食物，实现了大规模的经济培植。同时许多人坚持认为，这种技术培育出来的食物是“不自然的”。总之，看待问题要有两面性，对于转基因技术而言，能否在生产上大面积应用还有很长的一段路。