李鸿章初见戈登，眼前一亮，心中顿生英雄相惜之情。此前李鸿章接触的西方人，大多是盲流和武器贩子，和他们相比戈登真是鹤立鸡群。作者按：下面引用的李鸿章对戈登的评价，译自英文史料，李鸿章原话暂时没有找到，留待以后弥补。
李鸿章在日记中这样描述他对戈登的第一印象："这个英国人戈登的到来，真是天赐。他的言谈举止比我所见过的西洋人强过百倍，那些人大多傲慢自大，令人生厌。"几个月以后，李鸿章陪同戈登的常胜军进行一次军事行动，他对戈登更为欣赏："看这个英国人做战，真是疲惫的眼看见美景，沉重的心喜获甘露……如果有什么能和曾国藩的学识一样让我敬佩，那就是这个英国军官的指挥才能。"
随着时间的推移，李鸿章对戈登的看法逐渐改变。7月，李鸿章在日记中写道："不管戈登将军心中有多少狂想，他必须管住他那张嘴。"这句话事出有因。由於戈登禁止常胜军攻陷城池后大肆掳掠，他必须保证充足的军费来源。李鸿章供应淮军已经捉襟见肘，於是时常拖欠常胜军的军饷，大概是想迫使常胜军通过劫掠自给自足。不想戈登坚持原则，绝不松懈军纪。由於欠饷，常胜军几次哗变，都被戈登以铁腕手段镇压下去。戈登数次向李鸿章索要军饷未果，火冒三丈，公开指责李鸿章和淮军将领营私舞弊，截流常胜军的军费。9月，李鸿章对戈登的评价开始变得客观许多："戈登有不少缺点，他心高气傲，脾气暴躁，没完没了地要钱……虽然我对他颇有微辞，但他的确是一个有高尚情操的人，我依然很欣赏他……他是一个诚实的人，只不过较难相处。"
本来李鸿章和戈登可以相安无事直到战争结束，但"苏州杀降"事件使两人的关系到了决裂的边缘。1863年10月，常胜军和淮军开始围攻苏州。常胜军火炮犀利，苏州外围石垒、长城相继被破，太平军守将郜云官等人失去抵抗意志，通过淮军营官郑国魁联系，和程学启、戈登在洋澄湖密会。郜云官同程学启定下降约，戈登居间做保，因为双方都认为戈登最讲信用。11月29日，苏州守军投降。四天以后，郜云官等降将被杀，这就是"苏州杀降"事件，事情始末在谭伯牛的《战天京》一书中有详细记载，这里就不赘述。