《与朱元思书》从行船游江的实感出发，着力刻画富春江的山山水水，抒发了作者对政治的失意厌倦和企图寄情山水的思想情绪。全文可分三层：
第一层从“风烟俱净”至“天下独绝” ，总揽胜景，启发下文。作者十分善于发端，“风烟俱净，天山共色”头八个字就勾勒出这幅山水画卷的整个形势气象，使人觉得天光山色宛然在目。他在富春江下游离岸登舟，展眼眺望，视野深远，首先看到的是清秋季节的广阔景象。只见天高气爽，向远处伸延的连绵群山愈来愈远，愈远愈小，山色亦随之愈远愈淡; 湛蓝的天空则愈远愈低，渐渐地一直望到山之尽头，天之尽头，天山终于融合为一。作者这里不是单以天来衬山，或是单以山来衬天，而是让天与山互相烘托，互相陪衬，从整体上再现了美景。接着，作者轻轻点出自己是乘兴游江，赏玩风景，故任凭小舟随意漂荡，全不在意。这里语似平常却明显地流露出作者轻松愉快的心情，含有很强的抒情意味。虽说作者“从流飘荡”，然而并非毫无目的，他不想停留在某个固定点来观赏风景，而是想领着读者沿着蜿蜒百里的江水去探寻青山绿水的踪迹。“自富阳至桐庐，一百许里”，不仅点明了去向和路程，而且暗寓着这次游程在空间和时间上的伸延和推移，使得作者所要描画的景色显得十分开阔而又富有纵深变化，这也为下文的进一步展开埋下了伏笔。
第二层从“水皆缥碧”至“猛浪若奔”，尽力描写富春江的不同形态，说明水之“异”。首先描写江水的清碧和深邃，显示水的静态。接着，笔锋微转，开始描写水中的游鱼和细石，画出水底鱼动石静的生动情景。先写水静，是因为唯有水清水静，才能知道水深，也才能看到“游鱼细石”。次写有动有静，动静结合，是一个转折，但仍在写水上用力。写鱼写石，仿佛是顺手拈来，实际上却甚有深意。作者对于水之“异”，不是作空洞抽象的赞美，而是通过具体事物，用静止的和活动的画面交互映衬来表现，因此显得格外有力。写到这时，笔锋突然又一转，恰似金鼓齐鸣，铁骑突出，平静的江水刹那间呈现出另一种情景——迅急汹涌，奔腾激荡，如急箭离弦，骏马狂驰。这与刚才所见到的江水，形成一个鲜明的对照。通过这个对照，不仅反映了江水的动静变化，补足了富春江水的特色。从写作技巧上讲，这样写能显示出作者感情色彩的变化，场面气氛的变化和文章节奏的变化。在这一层中，意凡三转，愈转愈奇，淋漓尽致地展示了江水的千姿百态，可谓妙笔生花。
第三层从“夹岸高山”至“有时见日”，描绘两岸群山和山中景物，极力突出一个“奇”字。舟行江上，两岸高山夹道迎送，眼见得山形挺秀奇崛，随着远近正侧的位置不同而变化多端。作者运用神奇的想象力，巧妙地将群山的静态美转化成为动态美。试看“负势竞上，互相轩邈，争高直指，千百成峰”，不仅写出了山峰的形貌，而且赋予生命活力，使它们显得生龙活虎。同时，作者尤能绘声绘色，把山中描写成美妙的音乐世界。在那里，清泉的吟唱，好鸟的欢歌，知了的鸣叫，猿猴的啼鸣交织成优美的山林交响曲。作者触景生情，自然生出了许多感慨： “鸢飞戾天者，望峰息心; 经纶世务者，窥谷忘反。”这些感慨用大自然的幽静安闲和世俗社会的喧闹繁杂作对比，含蓄地否定了世俗社会，表达了对大自然的向往。作者铺写山中的各种声音，表面上看来热闹异常，其实却是以闹写静，显示出山深无入的幽静。他的感慨表面上看来是宕开的一笔，其实却决非等闲之语，而是说明了大自然对人潜移默化的教育作用。前面对山水景物精妙之处的描写早为这里的虚写作好了铺垫，这里的虚写又进一步突出了前面所写的山水之美。文章实中有虚，虚中见实，相得益彰。
文章结尾一段又悄然回到写景上，补写日光明暗的林中景致，以景结情，让人回味不尽。
此文寥寥一百四十多字，青山绿水无不形于笔底，称得上是“尺幅千里”。它的艺术特点主要是：
一、角度多变，手法丰富。作者善于在统一和谐的基调上，运用多种艺术手法从多种角度来精细地刻画景物，使形象生动丰满，立体感尤强。首先作者能从空间上的位置不同，从形态上的动静不同，或从听觉上的音响不同和视觉上的色彩不同来观察和把握事物的各种特征，从而使笔下的山水显得物态纷纭。水一般呈动态，作者就既不放过写其动态之美，又精心刻画其静态之美。山峦主要呈静态，作者就别出心裁地描绘其动态，使人觉得耳目一新。群山“负势竞上”、“争高直指”等活生生的立体形象正是靠作者不断地变换视角，体物细致深入才得到的。这正叫做“横看成岭侧成峰，远近高低各不同” (苏轼《题西林壁》)。其次对不同的对象能灵活采用不同的笔法，善于找出其共同点和不同点，描形摹状，曲尽其态。如对江水的具体描写看，“水皆缥碧”，是用白描手法画出江水青碧的颜色; “千丈见底”，是夸张地描写水的深邃澄净; “游鱼细石”，一方面是利用动静作对比，另一方面则是对江水澄净的进一步烘托;而“猛浪若奔”，“急湍甚箭”，是运用了比喻手法。在短短几句话中就含有多种艺术描写手法，并且几乎是句句翻新。从全文来看，作者的对比手法尤其用得出色。他不仅将此水与彼水、此山与彼山作对比，还能将水与山作对比，技巧的高超真令人惊叹。
二、笔法空灵，构思精妙。这个艺术特点是完全与作者自由自在的情绪相呼应的。作者既然是随兴而游，文章亦自然是随兴而发，兴到笔随。自然之山水与任真之心灵互相映照，互相沟通。故真情所至，笔似游龙，全似漫不经心，却自合于天籁。明白了这一点，就容易理解文章的开头和结尾显得不拘成法的原因。开头“风烟俱净，天山共色”两句，仿佛是猛然间看到半空有一朵彩云，不知它从何而来，又向何处而去，显得十分潇洒从容，格调超迈，真是出手不凡! 结尾时，本来在作者的感慨之后似乎已是文足意尽，可以搁笔，但是最后几句意外跌出，似断非断，更叫人吃惊。其实，这里也正是作者用笔精心之处。在显得峭拔急促的文句之后，用平稳的四言句式以写景收尾，起到了缓和文势的作用。而结句以不断断之，便又给读者留下无限想象余地。这些足见此文的空灵奇崛。然而，作者行笔放纵，任意挥洒，但又并非毫无章法。在任意挥洒的后面，作者对时空的取舍，材料的选择和结构的安排都是服从于自己特定审美需要的，文章的构思十分巧妙周到。譬如作者在第一层中以“奇山异水，天下独绝”作为自己对富春江风光的高度概括和由衷赞叹，并作为“文眼”统照全篇，后面的全部文字就都是由此生出。又如此文从头至尾都没有直接写到“人”，但读来却使我们感到景中有人，景中有情，作者的感情和作者的评价无处不在，并自然而然地感染和影响着读者。
三、清新流畅，精于铸炼。作者所处的时代骈文盛行。这篇文章虽然运用骈文写成，却没有一般骈文的弊病。首先，文字既千锤百炼，又生动晓畅。如用“奇”和“异”总括富春江山水特色; 用“箭”和“奔”来比喻水流之迅急;用“竞”和“争”来形容山峰相互依恃，争先恐后向上崛起的形状，字字动人，颇见功力。其次，句式整齐而有变化。文中多用四言，间以六言，并时加一些虚词，使语意转折灵活，流走自如，既有词句的自然匀称，又有疏宕谐婉的节奏，读来颇有韵致。